Celem strategicznym programu jest tworzenie warunków wzrostu konkurencyjności regionów oraz przeciwdziałanie marginalizacji niektórych obszarów w taki sposób, aby sprzyjać długofalowemu rozwojowi gospodarczemu kraju, jego spójności ekonomicznej, społecznej i terytorialnej oraz integracji z Unią Europejską. Cel ten został sformułowany w Narodowej Strategii Rozwoju Regionalnego na lata 2001-2006 i jest podstawą prowadzenia i koordynacji w tym okresie wszystkich działań podejmowanych w ramach polityki rozwoju regionalnego oraz w ramach Narodowego Planu rozwoju 2004-2006.

Priorytet 1: Rozbudowa i modernizacja infrastruktury służącej wzmacnianiu konkurencyjności regionów

1.1 Modernizacja i rozbudowa regionalnego układu transportowego
1.2 Infrastruktura ochrony środowiska
1.3 Regionalna infrastruktura społeczna
1.4 Rozwój turystyki i kultury
1.5 Infrastruktura społeczeństwa informacyjnego
1.6 Rozwój transportu publicznego w aglomeracjach

Priorytet 2. Wzmocnienie rozwoju zasobów ludzkich w regionach

2.1 Rozwój umiejętności powiązany z potrzebami regionalnych rynków pracy i możliwości kształcenia ustawicznego w regionie
2.2 Wyrównywanie szans edukacyjnych poprzez programy stypendialne
2.3 Reorientacja zawodowa osób odchodzących z rolnictwa
2.4 Reorientacja zawodowa osób dotkniętych procesami restrukturyzacyjnymi
2.5 Promocja przedsiębiorczości
2.6 Regionalne Strategie Innowacyjne i transfer wiedzy

Priorytet 3. Rozwój lokalny

3.1. Obszary wiejskie
3.2. Obszary podlegające restrukturyzacji
3.3. Zdegradowane obszary miejskie, poprzemysłowe i powojskowe
3.4. Mikroprzedsiębiorstwa
3.5. Lokalna infrastruktura społeczna

Priorytet 4. Pomoc techniczna